밀알선교단에서는 경제적 여건이 어려운 많은 장애 학생들이 학업에 더욱 정진하고 생활에 도움이 될 수 있도록 매년 신청자들 중 일부를 선발하여 <밀알장애인장학복지기금>을 지급하고 있습니다. 2001년 10월 15일 밀알장애인장학복지기금이 정식 출범되었으며, 2002년 1월 14일 제1회 밀알장애인장학복지기금 수여식을 시작으로 15명의 장학생에게 $54,000의 장학금이 수여되었습니다. 그 후 장학금 액수와 장애인 장학생 수가 해마다 증가하여 2019년 현재 미주장애인장학생 9명과 근로복지생 3명, 꿈나무장학생 38명, 제3국 및 북한 장학생10명, 장애인선교사역자 육성장학금 20명, 긴급지원 대상 추가 기금 10명 등 총 90명에게 $153,200의 장학기금이 지급되고 있습니다. 밀알장애인장학복지기금이 출범한 2001년부터 2019년까지 누적 총 지급액은 $2,387,000에 이릅니다.